花巷基督教堂迄今已有86年历史，“花巷堂”原名“尚友堂”，属福州基督教卫理公会教堂之一。1915年，美以美会当时为了社交的需要买下此地建堂，遂有“社交堂会”之意，故以“尚友堂”命名。清朝时期曾是满清官僚琉球“王”“兆新”的王府；辛亥革命时期，福建革命军司令部亦设立于此。1915年9月5日，堂会举行了第一次新教徒洗礼入教仪式，1938年改建为福州市仅有的花岗石墙体的礼拜堂。
当时的“尚友堂”气派典雅，堂内有花厅、鱼池。“兆新”时已分有左、中、右个三进，中间的三进即是所设立的教堂。为扩大基督教在社会上的影响，“尚友堂”办有进德学校，大力从事近代文化教育，作为鹤岭英华书院的预备班。该校后又改为进德女中，并办立幼儿园，皆因抗日战争停止办学 。
1949年起，中国基督教会与外国教会断绝关系。之后文革期间停止活动。直至1979年10月28日，花巷教堂在福州市第一个重新开堂，恢复基督教正常宗教活动（本堂并暂时作为各教派共用的崇拜聚会场所），故以所在地名取名改“尚友堂”为“花巷堂”。1982年、1985年两次共按立牧师43名。1979年至今共接待40多个国家和地区的国际友人和同道达3000人次，形成福建省基督教界与国内外人士友好交往的中心。
